As escunas que fazem o tradicional "Passeio às Ilhas da Baía de Todos os Santos" também operam normalmente. Mas a linha Salvador-Morro de São Paulo ainda funciona com conexão em Itaparica. Os catamarãs e as lanchas rápidas partem do Terminal Náutico com destino a Itaparica, de onde os passageiros seguem via terrestre para a Ponta do Curral, em Valença, e daí atravessam para o Morro.
Com conexão, a viagem para Morro dura uma hora a mais - em vez de 1 hora e 40 minutos, o percurso fica em 2 horas e 40 minutos. Os horários para Morro de São Paulo são os seguintes: Saídas de Salvador 8h30m, 9h, 10h30m, 11h30m, 13h30m e 14h. Saídas de Morro de São Paulo - 9h, 9h30m, 11h30m, 12h30m e 15h.