De acordo com João, Salvador é uma cidade plural, tolerante, que convive com suas diversidades, sejam religiosas, culturais ou raciais e o gestor de uma cidade com essas características tem que aprender a governar para todos.
"Como tem sido até agora, numa nova gestão a Igreja Católica pode ter certeza que continuará contando com o nosso apoio para suas obras", assinalou João. Este foi o primeiro encontro do candidato, neste segundo turno das eleições, com o arcebispo de Salvador. No primeiro turno, João manteve dois encontros com o cardeal Dom Magella.
Ao lado de João Henrique, o presidente das Santas Casas de Misericórdia da Bahia, Antônio Brito, também colocou à instituição à disposição da igreja católica. Durante a conversa, na qual estavam presentes os vereadores Silvoney Sales e Sandoval Guimarães, ambos do PMDB, João Henrique informou ao cardeal sobre a definição do local para a instalação de um monumento em homenagem a Ano Paulino, que será erguido na Avenida Paralela, em frente ao Parque de Exposições.
O candidato havia se comprometido em ajudar a Igreja na realização do Ano Paulino, homenagem dos católicos ao apóstolo São Paulo, sacrificado após converter-se ao catolicismo. O Ano Paulino, iniciado no dia 29 de junho de 2008 encerra-se na mesma data de 2009, período em que os católicos realizam uma série de atividades em comemoração à memória e ao legado deixado pelo apóstolo São Paulo.
Na conversa com D. Magella, o prefeito, candidato à reeleição, pediu autorização da Igreja para prestar uma homenagem ao padre Cassemiro Quiroga Vega, dando seu nome à praça implantada na área do antigo Clube Português da Bahia, na Pituba. O padre em questão foi pároco da Igreja Nossa Senhora da Luz. Para o candidato, o encontro com o cardeal foi mais uma oportunidade para reforçar os laços de respeito e integração entre sua administração e a igreja católica.