O Sistema é composto por quatro programas, sendo que dois deles já estão em funcionamento. Trata-se do Centro de Assistência a Vítimas de Violência na Bahia (CEAV-BA), que presta atendimentos jurídico, psicológico e social às vítimas de violência e dependentes da cidade de Salvador, Região Metropolitana e outras regiões do Estado e do Programa de Proteção às Vítimas e Testemunhas Ameaçadas (Provita), que oferece proteção não só às vítimas, como a testemunhas de atos de violência que correm risco de morte.
O objetivo é criar e fortalecer uma rede integrada que tutele os direitos fundamentais dos cidadãos. A ação desses Programas é direcionada à garantia de integridade a toda pessoa, física ou jurídica, grupo social, instituição, organização, entidade da sociedade civil ou movimento social que se encontre em situação de risco ou vulnerabilidade por desenvolver atividades de promoção, proteção, defesa e garantia dos Direitos Humanos no Estado da Bahia.
Ainda estão em andamento o Programa de Proteção a Crianças e Adolescentes Ameaçados de Morte (PPCAAM) e o Programa de Proteção aos Defensores dos Direitos Humanos do Estado da Bahia (PPDDH).