Por aplicar irregularmente recursos do Fundo de Manutenção e Desenvolvimento do Ensino Fundamental e de Valorização do Magistério (Fundef) entre os anos de 2001 e 2003, no município de São Desidério (distante 869 Km de Salvador), o ex-prefeito João Barbosa de Souza Sobrinho está sendo alvo de uma ação civil pública por ato de improbidade administrativa ajuizada pelo promotor de Justiça Sinval Castro Vilasboas.

Na ação, o representante do Ministério Público estadual acusa o ex-gestor de utilizar a verba destinada ao fundo para realizar pagamento indevido de gratificação a professores, totalizando R$ 187.419,03, e pagar despesas sem comprovação, por meio de cheque compensado na conta do Fundef no valor de R$ 36.237,00.

Durante aqueles três anos, João Barbosa Sobrinho promoveu várias obras de reforma, construção e ampliação de unidades escolares utilizando a verba do Fundef, mas sem atender às prescrições da Lei de Licitação, explica o promotor, que ainda acusa o ex-prefeito de direcionamento e favorecimento em algumas licitações.
 
Outra irregularidade apontada pelo representante do MP é o fato do ex-prefeito ter premiado professores escolhidos como os melhores o ano, ao passo que, "de acordo com a legislação do Fundef, havendo saldo financeiro ao final de cada ano letivo, o mesmo poderá ser rateado entre os professores em atividade, não cabendo, portanto, nenhum tipo de premiação pecuniária individualizada a servidores".

O promotor de Justiça afirma que o patrimônio público de São Desidério foi altamente lesionado pelos atos praticados pelo ex-prefeito. Nesse sentido, ele requer que a Justiça declare a responsabilidade de João Barbosa Sobrinho, condenando-o ao ressarcimento integral dos danos causados ao patrimônio público e a perda da função pública, suspensão dos direitos políticos, pagamento de multa civil e proibição de contratar com o Poder Público ou receber benefícios ou incentivos fiscais ou creditícios deste.