Ministério Público Federal na Bahia (MPF-BA) ingressou com uma ação judicial pedindo que a Prefeitura do Salvador devolva, imediatamente, as gestões dos trens do subúrbio e a administração do Metrô para a União e à Companhia Brasileira de Trens Urbanos (CBTU). Os procuradores da república responsáveis pelo processo concluíram que a prefeitura não dispõe de "experiência administrativa" e "capacidade financeira" para gerir os sistemas ferroviário e metroviário da cidade.

A situação dos trens do subúrbio é considerada a mais grave pelo péssimo estado de conservação do sistema. "A despeito dos vultosos repasses de verbas federais" para a prefeitura realizar obras de reabilitação e o custeio operacional dos trens entre os bairros da Calçada e Paripe, a ferrovia está à beira do colapso, segundo relata a Ação Civil Pública movida pelos procuradores da república Wilson Rocha de Almeida Neto e Danilo Pinheiro Dias.

A Prefeitura do Salvador recebeu o montante total de R$ 34,9 milhões do governo federal para manter a ferrovia, entre os anos de 2005 e 2010. Mas o estado de degradação já interditou parcialmente o funcionamento e os procuradores alertam para os riscos de acidente, inclusive com vítimas. O sistema de trens do subúrbio atende atualmente cerca de 12 mil pessoas por dia, mas já atendeu mais de 20 mil, segundo dados do Sindicato dos Trabalhadores Ferroviários e Metroviários da Bahia (Sindiferro).

Os procuradores ajuizaram a ação na 1ª Vara Federal da Bahia no último dia 29, pedindo, liminarmente, que o Governo Federal e a CBTU assumam a gestão  dos trens do subúrbio e Metrô de Salvador. No processo, os membros do MPF-BA solicitam a nulidade do convênio firmado em 24 de setembro de 2005, com a transferência do sistema ferroviário da CBTU para a Companhia de Transporte de Salvador (CTS), empresa do governo municipal.